此外还有岐黄省（医疗、卫生）、文教省（教育）、市易省（市场监督管理）、商政省（商务）、大匠省（科技研发，分为国防、民生）、华夷省（民族管理）、百家省（宗教管理）、水利省（水利）、直道省（交通）等机构，有的职位空缺，有的由林宁兼任。多数部门并不对外公开，渔阳高校和中央军事学院也是打着开善堂的幌子，毕竟林宁不敢轻易试探大汉朝廷的底线，其中最神秘的两个部门是“锦衣卫”和“泉台”，前者是他套用了明朝锦衣卫的名字，属于文官系统管理的情报机构，后者是军方的情报机构，都直接对林宁负责。锦衣卫长官为指挥使，泉台长官为台长，由林宁兼任，武涉、戏志才分管锦衣卫，蒲亮分管泉台。

为免部门太多，号令无法统一，乃至扯皮推诿，林宁规定行政部门全部归到郡守府麾下，受郡守府节制；纯粹的军事部门则由武将管理，一级压一级，直接对林宁负责，这点理所当然，没人反对。林宁随即又规定，等以后他做了刺史，各郡、各县仍要设立类似机构，去掉那些必须由中央直辖的部门，比如兵政省，则州级为“府”，郡级为“厅”，县级为“课”。县之下也不能胡乱丢给宗族自治，比如县下面还有两级架构：镇、村，镇级设“亭”，相当于派出所，保证政令能从上边一直贯彻到最底层。虽然古代尤其是东汉末年的宗族、门阀势力十分强大，皇权不下乡成为常态，但林宁相信人类总是在进步，不能因为有困难就退缩，宗族再强经历了五胡乱华也衰落了，隋朝推行科举制不就是为了打破这种垄断？老杨家的人能做到，我为什么做不到？

为了方便指挥军队，也是把人类文明几千年来摸索出来的成果在此刻绽放，林宁创立了军衔和新的军事编制。军衔从高到底分为上校（暂时设到上校）、中校、少校、上尉、中尉、少尉、六级士官、五级士官、四级士官、三级士官、二级士官、一级士官、上士、中士、下士、上等兵、列兵，军衔和职务挂钩，士兵必须无条件服从军衔高于自己的长官，士官比较特殊，属于教官，晋衔可以跳过；军事编制则是：十五万人为一军团（战时设立），设军团长、五万人为一军（战时设立），设军长、一万五千人为一师（常规最高编制），设师长、六千人为一旅（不常设，一般单独设立），设旅长、两千人为一团，设团长、五百人为一营，设营长、一百人为一曲，设曲长、三十人为一果，设果长、十人为一什，设什长、三人为一伍，设伍长。

军衔和改革后的军事编制结合，使得楚军从上到下联系紧密，只要磨合完毕，将如臂使指。哪怕主将被杀，各个作战单位也能在长官的带领下继续作战。经过一番商榷，龙且被授予上校军衔，章邯、蒲亮、许褚被授予中校军衔，章平、王离、卢三、管亥、波才、许定、颜良、文丑、麴义、太史慈皆被授予少校军衔。

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